脱氮副球菌基因组规模代谢网络模型的构建及分析方法

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脱氮副球菌基因组规模代谢网络模型的构建及分析方法
申请号:CN202411653568
申请日期:2024-11-19
公开号:CN119626320A
公开日期:2025-03-14
类型:发明专利
摘要
本发明公开了脱氮副球菌基因组规模代谢网络模型的构建及分析方法,属于系统生物学技术领域。所述方法包括:全基因组注释;获取脱氮副球菌的全局代谢反应数据;基于KEGG数据库中脱氮副球菌的物种代码和基因组注释结果,自动检索基因组信息并构建模型1;基于预训练的隐马尔可夫模型,通过对目标生物体的蛋白质进行同源性搜索,识别脱氮副球菌基因组中的同源蛋白,添加额外的代谢反应,构建模型2;整合模型1和模型2。本发明可以对脱氮工程进行高效地设计和改造,实现降解氮素过程的精准调控,相比于现有的代谢工程改造方法,本发明可以有效减少探究性实验的工作量,对深入了解脱氮副球菌氮素降解特性有极大的推进作用。
技术关键词
基因组规模代谢网络 脱氮副球菌 KEGG数据库 马尔可夫模型 工具箱 分析方法 系统生物学技术 分析工具 代谢工程改造 存储计算机程序 平台 蛋白 处理器 数学 瓶颈 可读存储介质 存储器 矩阵 电子设备