一种基于纳米孔测序的质粒测序和序列纠偏筛选方法及其应用
申请号:CN202510592704
申请日期:2025-05-09
公开号:CN120148648B
公开日期:2025-08-08
类型:发明专利
摘要
本发明提供了一种基于纳米孔测序的质粒测序和序列纠偏筛选方法及其应用,所述方法包括:(1)设计带条形码的载体引物,对质粒目标片段进行PCR扩增,将不同质粒插入片段的PCR扩增产物混合至一管,对混合DNA统一建库和上机测序,根据测序样品数及质粒大小收获对应数据量的原始下机数据;(2)基于高通量测序的序列纠偏筛选系统,对原始测序数据实施数据质控,建立测序序列与模板序列的多对一比对方程,通过位置特异性碱基频率统计推导保守碱基,经序列重组获得一致性碱基序列;(3)开发克隆筛选决策模型,通过一致性序列与模板序列的比对度阈值设定,对克隆进行判定,实现克隆的自动化分级筛选。
技术关键词
筛选系统
条形码
高通量
原始测序数据
DNA序列
质粒
筛选方法
纳米孔
分析模块
全局比对算法
匹配模块
隐马尔可夫模型
模板
引物
多模式
频率
处理器
判定方法
载体