一种融合蛋白口袋序列和结构信息的分子生成优化方法及系统

本发明公开了一种融合蛋白口袋序列和结构信息的分子生成优化方法及系统，步骤为：基于Transformer编码器进行蛋白口袋序列编码；使用图来表征蛋白口袋的三维结构，将随机游走位置编码和图注意力机制引入结构编码器，进行蛋白口袋结构编码；使用自引用嵌入字符串(SELFIES)表征小分子；将蛋白口袋的序列输出和结构输出与小分子SELFIES表征结合，经Transformer解码器解码后，使用注意力机制得到融合输出，最终根据融合输出的词表概率分布生成SELFIES字符；使用强化学习的策略梯度法优化生成分子的理化性质。本发明能够生成具有高结合亲和力、丰富多样性以及优良理化性质的药物分子，提高药物设计性能。