基于Transformer的纳米孔测序信号识别方法及系统

本发明适用于基因测序技术领域，提供了基于Transformer的纳米孔测序信号识别方法及系统，方法包括：对纳米孔测序信号进行归一化处理，分割为固定长度的信号窗口；通过包含卷积层和多头自注意力模块的Transformer编码器提取信号特征；采用自回归Transformer解码器，结合信号特征与已解码碱基序列的上下文信息，通过交叉注意力机制生成当前碱基的预测概率；基于波束搜索算法迭代生成最优碱基序列，结合键值缓存优化解码效率；对分段解码结果进行重叠区域融合与质控，输出最终序列。本发明显著提升纳米孔测序在复杂生物序列分析中的精度与可靠性，在多种基因测序数据集上的识别准确率超过现有基于CTC的模型。