基于多相态识别的分子动力学模拟均方位移精确计算方法

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基于多相态识别的分子动力学模拟均方位移精确计算方法
申请号:CN202511499835
申请日期:2025-10-21
公开号:CN120977407B
公开日期:2025-12-26
类型:发明专利
摘要
本发明提供了一种基于多相态识别的分子动力学模拟均方位移精确计算方法,该方法将体系中的目标分子精确分类为四种状态:近杂质目标分子、水合物内目标分子、团簇内目标分子和液相中目标分子,分类过程采用多级筛滤策略,确保每类分子的独立性。传统MSD计算仅要求分子在起始帧和结束帧处于目标相态,但中间帧可能经历相变,如从液相进入水合物,导致计算结果偏离本征扩散行为。本发明通过追踪分子在整个模拟过程中的赋存状态,精准找出需要计算的状态,通过状态持续验证机制确保MSD仅反映分子在纯液相的连续扩散过程,排除相变干扰,进行针对性MSD计算。
技术关键词
精确计算方法 分子 液相 标记 识别方法 坐标 盒子 时间段 节点间距离 验证机制 校正方法 二氧化硅 尺寸 列表 连续性 算法 周期性 聚合物