一种用于环肽文库的高通量虚拟筛选方法

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一种用于环肽文库的高通量虚拟筛选方法
申请号:CN202410798697
申请日期:2024-06-20
公开号:CN118841068A
公开日期:2024-10-25
类型:发明专利
摘要
本发明公开了一种用于环肽文库的高通量虚拟筛选方法,具体步骤包括了:从文献中收集针对三个不同的蛋白靶点的对应环肽活性数据;针对每个蛋白靶点各构造一个阴性数据集从而构建虚拟文库用作筛选;用改进的AlphaFold模型对三个虚拟文库中包含的环肽及其对应的蛋白靶点进行复合物结构预测;根据改进的AlphaFold给出的pTM指标筛选出前30%的潜在合理的复合物结构;再筛选出前15%的潜在合理的复合物结构;根据Rosetta软件中的氢键和dG_separated/dSASAx100描述符筛选不具有良好化学性质或生物性质的复合物结构,筛选后的复合物中的环肽则被视为具有潜在活性的候选物。本发明可有效减少环肽文库潜在化合物的搜索空间,提高活性环肽命中率,有效加速环肽药物研发,有很高的通用性、准确性和稳定性。
技术关键词
复合物结构 虚拟筛选方法 高通量 文库 尿激酶型纤溶酶原激活物 蛋白 指标 数据 界面 环肽药物 描述符 配体 数值 代表 序列 结合物 软件 生物
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